Nội dung thi được thực hiện theo hướng dẫn nội dung dạy học các môn chuyên của các trường trung học phổ thông chuyên do Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành, áp dụng từ năm học 2001 – 2002.[3]

Trên thực tế, nội dung thi các môn khoa học tự nhiên đạt tới trình độ rất sâu (tương đương với các kiến thức ở bậc đại học) và gần như không liên quan đến kiến thức phổ thông. Ví dụ ở môn thi Hoá học, học sinh sẽ phải biết đến những kiến thức như cấu tạo chất, hoá phân tích,... là những kiến thức hoá học chuyên ngành ở bậc đại học. Sở dĩ nội dung thi như vậy vì để đáp ứng với yêu cầu chất lượng thí sinh tham gia thi các kỳ thi chọn đội tuyển Olympic khu vực và quốc tế, cũng như bước đầu cho học sinh làm quen với nội dung thi ở các kỳ thi lớn hơn.

Kỳ thi được tổ chức thi tại đơn vị dự thi hoặc các đơn vị dự thi liên kết tổ chức thi chung tại một địa điểm.

Môn thi

• Ngữ văn, Lịch sử, Địa lí, Ngoại ngữ (Tiếng Anh, Tiếng Pháp, Tiếng Nga, Tiếng Trung Quốc): Thang điểm 20.[3]
• Toán, Tin học: Thang điểm 40.[3]
• Vật lí, Hóa học, Sinh học: Thang điểm 42 (40 điểm thi viết và 2 điểm thi thực hành).[3]

Thời gian

Kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia trung học phổ thông Việt Nam có 3 buổi thi, trong đó:

• Các môn Ngữ văn, Lịch sử, Địa lí: 1 buổi thi.
• Các môn Toán, Tin học, Ngoại ngữ: 2 buổi thi.
• Các môn Vật lí, Hóa học, Sinh học: 3 buổi thi.

Các môn thi Ngữ văn, Lịch sử, Địa lí có 1 bài thi viết duy nhất. Môn thi Toán có 2 bài thi viết. Môn thi Tin học có 2 bài thi trên máy tính. Môn thi Ngoại ngữ (Tiếng Anh, Tiếng Nga, Tiếng Pháp, Tiếng Trung Quốc) có 1 bài thi viết và 1 bài thi nói kiểm tra 4 kĩ năng: nghe, nói, đọc, viết. Các môn thi Vật lí, Hóa học, Sinh học có 2 bài thi viết và 1 bài thi thực hành (vào năm học 2021-2022, phần thi thực hành bị lược bỏ do ảnh hưởng của đại dịch COVID-19).

Thời gian làm bài thi là 180 phút.